Theo đó, UBND tỉnh Sơn La đề nghị người đứng đầu Chính phủ cho chủ trương dừng thực hiện dự án theo hình thức đối tác công tư PPP và cho triển khai thực hiện dự án theo Luật Đầu tư công. Trong trường hợp Thủ tướng đồng ý triển khai dự án theo Luật Đầu tư công, UBND tỉnh Sơn La đề xuất phân chia công trình thành 3 đoạn.
Cụ thể, đoạn đầu tuyến từ Km 1 đến Km19 (huyện Đà Bắc, tỉnh Hoà Bình) sẽ triển khai theo hình thức đầu tư công, do tỉnh Hoà Bình làm chủ đầu tư.
Đoạn cuối tuyến thuộc địa phận tỉnh Sơn La (từ Km53 đến cuối tuyến) sẽ triển khai theo hình thức đầu tư công, do tỉnh Sơn La làm chủ đầu tư.
Đoạn giữa tuyến từ Km19 - Km53 (đoạn giữa tuyến, thuộc địa phận tỉnh Hoà Bình), bao gồm 2 cầu vượt lòng hố Sông Đà, công trình hầm, nền, mặt đường và toàn bộ các công trình trên tuyến, UBND tỉnh Sơn La đề nghị vận động ODA và định hướng giao tỉnh Hoà Bình đề xuất theo hướng sử dụng vốn ODA cấp phát với mức tối đa.
Vào tháng 12/2020, UBND tỉnh Sơn La có văn bản xin Thủ tướng cho điều chỉnh chủ trương đầu tư dự án.
Theo đó, dự án sẽ có tổng mức đầu tư mới là 21.577 tỷ đồng gồm vốn do nhà đầu tư huy động là 11.627 tỷ đồng; phần vốn Nhà nước tham gia là 9.950 tỷ đồng theo hình thức vốn góp bằng nguồn vốn đầu tư công để thực hiện bồi thường, hỗ trợ giải phóng mặt bằng và tái định cư, xây dựng công trình tạm, một phần tuyến chính.
Trước đó, vào tháng 5/2019, Thủ tướng đã ký Quyết định số 579/QĐ-TTg về việc phê duyệt chủ trương đầu tư dự án xây dựng đường cao tốc Hòa Bình – Mộc Châu, tổng mức đầu tư dự án là 22.294 tỷ đồng. Trong đó vốn nhà đầu tư huy động 17.294 tỷ đồng, vốn nhà nước tham gia là giá trị quỹ đất trên địa bàn hai tỉnh Sơn La, Hòa Bình 5.000 tỷ đồng (tỉnh Sơn La 4.100 tỷ đồng, tỉnh Hòa Bình 900 tỷ đồng).