Theo Quy hoạch phát triển hệ thống cảng biển Việt Nam giai đoạn 2021-2030, tầm nhìn đến 2050 được Thủ tướng Chính phủ phê duyệt, cảng biển Bình Định là cảng biển loại I, thuộc Nhóm cảng biển số 3, gồm các bến cảng: Khu bến Quy Nhơn - Thị Nại - Đống Đa; Khu bến Nhơn Hội; các bến phao (hàng lỏng) tại Quy Nhơn; Bến cảng Phù Mỹ; các khu neo đậu chuyển tải, tránh, trú bão.
Trước đó, Bộ GTVT đã có văn bản trả lời kiến nghị của UBND tỉnh Bình Định về việc điều chỉnh một số chỉ tiêu quy hoạch Khu bến cảng Phù Mỹ và bổ sung vào quy hoạch hệ thống cảng biển quốc gia.
Tuy nhiên, theo Quy hoạch tỉnh Bình Định thời kỳ 2021- 2030, tầm nhìn đến năm 2050 được phê duyệt có xác định nghiên cứu điều chỉnh tách bến cảng Phù Mỹ thành khu bến Phù Mỹ và khu bến Hoài Nhơn nhưng Quyết định phê duyệt điều chỉnh Quy hoạch tổng thể phát triển hệ thống cảng biển Việt Nam thời kỳ 2021-2030, tầm nhìn đến năm 2050 của Thủ tướng Chính phủ lại không có nội dung này.
Do đó, để tạo điều kiện cho các nhà đầu tư nghiên cứu đầu tư xây dựng phát triển hạ tầng, UBND tỉnh Bình Định đề nghị Bộ GTVT kiến nghị Thủ tướng Chính phủ xem xét điều chỉnh, bổ sung quy hoạch khu bến cảng Phù Mỹ vào Quy hoạch tổng thể phát triển hệ thống cảng biển Việt nam thời kỳ 2021-2030, tầm nhìn đến năm 2050, khi rà soát Quy hoạch theo định kỳ 5 năm.
Theo quy hoạch được UBND tỉnh Bình Định đề xuất, khu bến Phù Mỹ có phạm vi ranh giới thuộc vùng biển xã Mỹ An và Mỹ Thọ, huyện Phù Mỹ, quy mô 1.442,7ha.
Giai đoạn đến năm 2030 sẽ quy hoạch 2 cầu cảng chuyên dùng sản phẩm hydrogen xanh, amoniac xanh, tiếp nhận tàu trọng tải 150.000 tấn; 1 cầu cảng hàng lỏng chuyên dùng tiếp nhận sản phẩm xăng dầu, LNG, Jet, sản phẩm hóa dầu; tiếp nhận tàu trọng tải 100.000 tấn; 1 cầu cảng chuyên dùng hàng rời, tiếp nhận tàu trọng tải 70.000 - 100.000 tấn; 5 cầu cảng tổng hợp bốc xếp hàng hóa tổng hợp, bao kiện, container, vật tư thiết bị, tiếp nhận tàu trọng tải 30.000 - 100.000 tấn.
Giai đoạn sau năm 2030 sẽ có 4 cầu cảng tổng hợp, vật tư cho tàu trọng tải 30.000 - 70.000 tấn; 1 cầu cảng cho đội tàu phục vụ, lai dắt chiều dài 120m.
Giai đoạn 2030 - 2050, dự báo khối lượng hàng hóa thông qua bến cảng khoảng 16,6 triệu/năm, gồm: Hàng lỏng (hydrogen, amoniac, LNG, xăng dầu, sản phẩm hóa dầu), hàng tổng hợp, container, vật tư, thiết bị, bao kiện, hàng rời, thiết bị chuyên dùng năng lượng.