Theo đó, TP Hà Nội báo cáo Thủ tướng xin điều chỉnh tổng mức đầu tư dự án tuyến đường sắt đô thị số 2 TP Hà Nội (đoạn Nam Thăng Long - Trần Hưng Đạo) lên 35.678 tỷ đồng, tăng 16.123 tỷ đồng (82%) so ban đầu. Nguyên nhân do quy mô đầu tư, tỷ giá, nguyên liệu, vật tư, nhân công, thiết bị,... đều tăng.
Sau điều chỉnh, tốc độ vận hành tối đa các đoàn tàu trên tuyến sẽ đạt 110 km/giờ đoạn trên cao, 80 km/giờ trong hầm và 15 km/giờ khu đề-pô; đồng thời, giảm số lượng đoàn tàu từ 14 đoàn (56 toa) xuống 10 đoàn (40 toa) để vận hành phù hợp lưu lượng hành khách dự báo,... Do dự án thực hiện một loạt điều chỉnh, nên tiến độ hoàn thành được đề xuất lùi đến năm 2027.
Như vậy, tổng chi phí đầu tư của dự án điều chỉnh là 143 triệu USD mỗi km. Bộ Kế hoạch và Đầu tư cũng dẫn chi phí đầu tư của một số dự án tàu điện ngầm khác ở châu Á trong 10 năm qua. Cụ thể, dự án MRT Jakarta giai đoạn một của Indonesia (năm 2014) sử dụng vốn ODA của Nhật Bản có chi phí trung bình là 165,6 triệu USD. Dự án của Malaysia (năm 2011) chi phí đầu tư trung bình là 125 triệu USD mỗi km. Dự án Hangzhou 1 của Trung Quốc (năm 2007) trung bình là 73 triệu USD mỗi km.
Lộ trình tuyến đường sắt đô thị số 2 được xác định từ Khu đô thị Nam Thăng Long theo đường Nguyễn Văn Huyên kéo dài - Hoàng Quốc Việt - Hoàng Hoa Thám - Thụy Khuê - Phan Đình Phùng - Hàng Giấy - Hàng Đường - Hàng Ngang - Hàng Đào - Đinh Tiên Hoàng - Hàng Bài - điểm cuối trên phố Huế (ngã tư giao với đường Nguyễn Du). Tuyến đường dài 11,5 km, với 3 ga trên cao, 7 ga ngầm.
Thời gian qua, dự án thu hút sự quan tâm của các nhà khoa học với việc ga ngầm C9 được đề xuất xây dựng ven hồ Hoàn Kiếm (phía dưới đường Đinh Tiên Hoàng, cách bờ hồ Hoàn Kiếm 10 m). Nhiều cơ quan, chuyên gia về quy hoạch, kiến trúc nêu ý kiến không đồng thuận, cho rằng vi phạm Luật Di sản văn hóa, tác động tiêu cực đến các di tích và danh lam thắng cảnh khu vực hồ Hoàn Kiếm. Hiện nay, vẫn chưa có quyết định cuối cùng về vị trí ga ngầm C9.