Theo đó, việc thi công sẽ diễn ra chủ yếu vào ban đêm để hạn chế ảnh hưởng đến lưu thông. Cụ thể, theo Sở Xây dựng Hà Nội các đơn vị sẽ tổ chức thi công hố móng giá long môn từ 22h đến 5h hằng ngày, sẽ rào chắn 1/3 mặt đường trên cầu theo cả hai hướng Đông Anh - Tây Hồ và ngược lại, tại hai đầu cầu Nhật Tân, mỗi điểm dài khoảng 30m. Các phương tiện xe máy sẽ lưu thông hỗn hợp trên 2/3 mặt đường còn lại.
Tổ chức lắp đặt giá long môn từ 0h đến 4h, rào chắn toàn bộ đường dẫn lên cầu ở cả hai hướng, cấm tất cả phương tiện lưu thông qua cầu. Các phương tiện sẽ được hướng dẫn chuyển hướng sang cầu Thăng Long hoặc các cầu khác.
Cầu Nhật Tân sẽ được tổ chức lại giao thông từ ngày 25/7 đến 18/8.
Ngoài ra, tổ chức thi công hàng rào phân làn phương tiện từ 22h đến 5h, sẽ rào chắn 1/3 mặt cầu sát làn xe máy, chiều dài mỗi đoạn khoảng 300m. Xe máy tiếp tục di chuyển hỗn hợp trên phần đường còn lại. Thi công được thực hiện theo từng chiều, từ Võ Chí Công đi Nội Bài, sau đó đảo chiều tương tự.
Theo Sở Xây dựng Hà Nội, ban ngày, giao thông trên cầu vẫn diễn ra bình thường theo phương án tổ chức hiện trạng.
Để đảm bảo an toàn và tránh ùn tắc trong quá trình thi công, Sở Xây dựng Hà Nội yêu cầu Ban Duy tu các công trình hạ tầng giao thông và đơn vị thi công: Lắp đặt đầy đủ hệ thống biển báo, đèn chiếu sáng, rào chắn từ khoảng cách 200m đến vị trí thi công và tại các điểm chốt cấm cứng ban đêm; Bổ sung biển báo hạn chế tốc độ 40 km/h tại các làn đường hỗn hợp còn lại; Bố trí lực lượng phối hợp với Phòng Cảnh sát giao thông và chính quyền địa phương để phân luồng từ xa, hướng dẫn tại chỗ và xử lý tình huống ùn tắc nếu xảy ra; Các phương tiện thi công, vật tư phải nằm trong phạm vi rào chắn, hoàn trả mặt bằng ngay sau khi thi công, không gây cản trở lưu thông.
Ngoài ra, Sở cũng yêu cầu phải tổ chức ứng trực 24/24h với đầy đủ trang thiết bị, phương tiện hỗ trợ khi có sự cố giao thông và phải cung cấp đầu mối liên lạc với lực lượng chức năng. Toàn bộ phương tiện phục vụ thi công phải được đăng ký, cấp phép theo quy định. Trong trường hợp để xảy ra tai nạn, chủ đầu tư và nhà thầu thi công sẽ phải hoàn toàn chịu trách nhiệm.
Sở Xây dựng Hà Nội cũng đề nghị Phòng Cảnh sát giao thông - Công an thành phố Hà Nội phối hợp chặt chẽ trong việc hướng dẫn, phân luồng, xử lý vi phạm và đảm bảo an toàn giao thông trên tuyến trong suốt thời gian thi công. Thời gian thi công từ ngày 25/7 đến 18/8.