Về vấn đề này, Bộ GTVT cho biết, đối với các vị trí hầm chui bị ngập nước, đơn vị tư vấn thiết kế (TEDI) đã hoàn thành việc thiết kế bổ sung hệ thống thoát nước, các hầm chui bị ngập nước sẽ được thiết kế bổ sung hệ thống rãnh, hố ga để thu dẫn nước ra các vị trí kênh, mương lân cận.
Dự kiến, trong tháng 7/2019 sẽ hoàn thành việc xử lý các hầm chui dân sinh bị ngập nước. Đối với vị trí dưới cầu Vạn Điểm, nhà đầu tư đã tiến hành nạo vét, sửa chữa hệ thống thoát nước cũ (bị lắng đọng bùn, đất, một số cống ngầm bị hư hỏng ...), đã thảm lại mặt đường để đảm bảo êm thuận và xử lý triệt để tình trạng ngập nước dưới gầm cầu.