Theo Bộ GTVT, trong bối cảnh Bộ GTVT, Tổng công ty Cảng hàng không Việt Nam (ACV) chưa thể cân đối vốn để đầu tư ngay trong giai đoạn 2021-2025, Bộ GTVT kiến nghị Thủ tướng Chính phủ, Phó thủ tướng Trần Hồng Hà xem xét giao UBND tỉnh Bình Định là cơ quan chủ quản Dự án đầu tư xây dựng đường cất hạ cánh số 2 và các công trình đồng bộ tại khu bay của Cảng hàng không Phù Cát; hoàn thiện các thủ tục, trình cấp có thẩm quyền xem xét, chấp thuận chủ trương đầu tư theo quy định.
Chính phủ giao Bộ GTVT, Bộ Quốc phòng, Bộ KH&ĐT, Bộ Tài chính theo chức năng nhiệm vụ hướng dẫn, hỗ trợ UBND tỉnh Bình Định trong quá trình thực hiện.
Trước đó, Bộ GTVT đã xây dựng 2 phương án đầu tư xây dựng đường cất hạ cánh số 2 của Cảng hàng không Phù Cát. Phương án 1 do doanh nghiệp Cảng hàng không Phù Cát là ACV tổ chức thực hiện. Tuy nhiên, ACV cho biết là đơn vị này đang tập trung nguồn vốn để đầu tư các dự án lớn, trọng điểm ngành hàng không nên chưa thể cân đối nguồn vốn để thực hiện trong giai đoạn này.
Phương án thứ 2 là nhà nước trực tiếp đầu tư nhưng pháp luật về hàng không dân dụng không quy định cụ thể về trách nhiệm đầu tư của ngân sách trung ương hay ngân sách địa phương.
Trường hợp Bộ GTVT tổ chức thực hiện Kế hoạch đầu tư công trung hạn giai đoạn 2021-2025 nguồn ngân sách trung ương hiện không có khả năng cân đối vốn để đầu tư Dự án ngay trong giai đoạn này. Trong khi đó, UBND tỉnh Bình Định đã sẵn sàng bố trí khoảng 1.513 tỷ đồng (trong đó khoảng 1.008 tỷ đồng cho giải phóng mặt bằng) để đầu tư Dự án.
Việc sử dụng ngân sách địa phương của UBND tỉnh Bình Định được thực hiện theo quy định sau khi Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của 7 Luật thuộc chức năng quản lý nhà nước của Bộ Tài chính được Quốc hội thông qua gồm: Luật Chứng khoán; Luật Kế toán; Luật Kiểm toán độc lập; Luật Ngân sách nhà nước; Luật Quản lý, sử dụng tài sản công; Luật Quản lý thuế; Luật Dự trữ quốc gia.
Trước đó, UBND tỉnh Bình Định đã có tờ trình đề nghị Chính phủ, Thủ tướng Chính phủ trình Quốc hội thông qua cơ chế đặc thù giao UBND tỉnh Bình Định tổ chức thực hiện đầu tư xây dựng đường cất hạ cánh số 2 và các công trình khác thuộc khu bay từ nguồn vốn ngân sách do tỉnh quản lý (bao gồm nguồn vốn Trung ương hỗ trợ khoảng 1.500 tỷ đồng).
Về đề xuất hỗ trợ khoảng 1.500 tỷ đồng từ ngân sách trung ương, Bộ KH&ĐT cho biết là hiện nay cấp có thẩm quyền chưa ban hành nguyên tắc, tiêu chí, định mức và thông báo tổng mức vốn đầu tư công dự kiến nên chưa có cơ sở xem xét, báo cáo cấp có thẩm quyền hỗ trợ một phần kinh phí đầu tư xây dựng cho UBND tỉnh Bình Định thực hiện đầu tư.