Thường trực Chính phủ kết luận: Hồ sơ Đề án đã được chuẩn bị công phu, có chất lượng. Thủ tướng Chính phủ ghi nhận, đánh giá cao kết quả và nỗ lực của Bộ GTVT, UBND TP Hà Nội, UBND TP Hồ Chí Minh và các cơ quan, đơn vị liên quan. Đồng thời, Thủ tướng Chính phủ yêu cầu các cơ quan tiếp tục hoàn thiện Hồ sơ Đề án.
Về mục tiêu của Đề án, Thủ tướng Chính phủ lưu ý: Thực hiện các Kết luận số 49-KL/TW ngày 28/02/2023 về định hướng phát triển giao thông vận tải đường sắt Việt Nam đến năm 2030, tầm nhìn đến năm 2045 và số 72-KL/TW ngày 23/02/2024 về tiếp tục thực hiện Nghị quyết số 13-NQ/TW ngày 16/01/2012 của Ban chấp hành trung ương Đảng khóa XI về xây dựng kết cấu hạ tầng đồng bộ nhằm đưa nước ta cơ bản trở thành nước công nghiệp theo hướng hiện đại, cụ thể: "Hoàn chỉnh mạng lưới đường (có tính kết nối với vùng Thủ Đô) và Thành phố Hồ Chí Minh vào năm 2035", "tiếp tục triển khai đầu tư các tuyến đường sắt đô thị, tàu điện ngầm có quy mô vận tải lớn tại Hà Nội, Thành phố Hồ Chí Minh và một số thành phố lớn khác";
Giải quyết yêu cầu thực tế về giao thông vận tải tại Hà Nội, TP Hồ Chí Minh; Góp phần thúc đẩy tốc độ tăng trưởng trong thời gian tới; Đề xuất một số cơ chế, chính sách đặc thù liên quan đến việc lựa chọn tư vấn, nhà thầu, giải phóng mặt bằng... để bảo đảm tiến độ, chất lượng và hiệu quả của Dự án.
Về quan điểm: Đề án phải thể hiện được tư duy hiện đại, tầm nhìn chiến lược với cách nghĩ và cách làm mới; Quy hoạch mạng lưới đường sắt đô thị của 2 TP phải có tầm nhìn chiến lược, bảo đảm tính đồng bộ với Quy hoạch tổng thể đường sắt quốc gia; Đa dạng hóa hình thức huy động vốn theo hướng linh hoạt, hiệu quả, phù hợp với thực tế triển khai Dự án và đa đạng hóa các nguồn lực, trong đó tăng trần nợ công và bội chi ngân sách (báo cáo cấp có thẩm quyền); Công nghệ và phương thức quản trị Dự án phải hiện đại, thông minh và hiệu quả; Nghiên cứu xây dựng ngay và ban hành hệ thống quy chuẩn, tiêu chuẩn kỹ thuật cho đường sắt đô thị bảo đảm thống nhất trong hệ thống để sử dụng chung;
Về nguyên tắc: Dự án phải được nghiên cứu kỹ, triển khai nhanh, hiệu quả; Phân cấp, phân quyền mạnh, đi đôi với tăng cường kiểm tra, giám sát khâu thực hiện; Công tác đào tạo, phát triển nguồn nhân lực thực hiện ngay tại các cơ sở đào tạo trong nước đáp ứng đủ điều kiện yêu cầu, có thuê chuyên gia, tư vấn nước ngoài.
Về kiến nghị Bộ Chính trị: Đồng ý chủ trương triển khai Đề án; Đồng ý chủ trương có các cơ chế đặc thù, đặc biệt về chỉ định thầu tư vấn, giám sát và lựa chọn các nhà đầu tư, huy động nguồn lực; Giao Ban cán sự đảng Chính phủ làm việc với Đảng đoàn Quốc hội thống nhất cơ chế chính sách đặc thù cho Đề án trước khi trình Quốc hội theo quy định; Đồng ý chủ trương tăng trần nợ công lên khoảng 80% GDP và bội chi ngân sách ở mức phù hợp; Giao UBND TP Hà Nội và UBND TP Hồ Chí Minh làm chủ đầu tư các dự án trên địa bàn, được sử dụng ngân sách địa phương thực hiện công tác chuẩn bị đầu tư theo quy định.
Thủ tướng Chính phủ giao Phó Thủ tướng Trần Hồng Hà trực tiếp chỉ đạo việc hoàn thiện và thực hiện Đề án; các Bộ, ngành, địa phương liên quan chủ động phối hợp tích cực với Bộ GTVT trong quá trình hoàn thiện, trình Bộ Chính trị cho ý kiến và tổ chức thực hiện Đề án.