Đôi khi xe lửa cũng vô tình trở thành tác nhân gây ùn tắc giao thông trên địa bàn TPHCM, đặc biệt trong giờ cao điểm khi các phương tiện đường bộ phải dừng chờ để ưu tiên xe lửa chạy qua.