Tại dự thảo, sau khi xem xét kỹ lợi ích của người sử dụng đường cao tốc TP Hồ Chí Minh - Trung Lương, tránh ảnh hưởng do biến động mức phí, Bộ GTVT đề xuất mức thu cơ bản áp dụng trên tuyến cao tốc này là 1.000 đồng/km/CPU (bằng với mức thu trước ngày 31/12/2018).
Sau khi trừ chi phí thu, chi phí bảo dưỡng, bảo trì, doanh thu thu phí còn lại trong năm đầu tiên thu phí trở lại tuyến cao tốc TP Hồ Chí Minh - Trung Lương có thể đạt khoảng 600 tỷ đồng. Toàn bộ số thu này sẽ được nộp ngân sách Nhà nước để hoàn vốn đầu tư và phục vụ công tác bảo trì, sửa chữa các tuyến cao tốc.
Theo Bộ GTVT, hiện nay, Nhà nước đã thu phí sử dụng đường bộ theo đầu phương tiện. Do đó, việc tổ chức thu phí thông qua trạm thu phí trên đường cao tốc TP Hồ Chí Minh - Trung Lương có thể dẫn đến phản ứng của người tham gia giao thông.
Tuy nhiên, vướng mắc này có thể được giải quyết thông qua giải pháp tăng cường công tác tuyên truyền, giải thích cho người tham gia giao thông hiểu rõ tuyến đường cao tốc TP Hồ Chí Minh - Trung Lương là tuyến đường đem lại lợi ích cho người tham gia giao thông cao hơn so với tuyến đường song hành (quốc lộ 1), người tham gia giao thông có quyền lựa chọn di chuyển trên tuyến quốc lộ 1 (không phải trả thêm phí) hoặc trả phí để sử dụng đường cao tốc TP Hồ Chí Minh - Trung Lương, đồng thời hưởng chất lượng dịch vụ và lợi ích cao hơn.
Cao tốc TP Hồ Chí Minh - Trung Lương được đầu tư hơn 9.880 tỷ đồng là công trình đường bộ đạt chuẩn cao tốc đầu tiên tại Việt Nam. Tuyến đường này đưa vào khai thác từ năm 2010. Tới năm 2015, Bộ GTVT giao cho Tổng Công ty Cửu Long ký hợp đồng bán quyền thu phí sử dụng cao tốc TP Hồ Chí Minh - Trung Lương cho Công ty Yên Khánh với giá trị trên 2.000 tỷ đồng, thời hạn 5 năm. Đến tháng 1/2019 hợp đồng bán quyền hết hạn, tuyến cao tốc này tạm dừng thu phí cho đến nay.