Tuy nhiên, thời gian gần đây, với sự phát triển mạnh mẽ của các loại hình vận tải khác (đặc biệt là vận tải đường bộ, hàng không), thị phần vận tải đường sắt đã sụt giảm theo từng năm. Bên cạnh đó, hiệu quả khai thác kết cấu hạ tầng đường sắt cũng chưa cao, chưa tương xứng với giá trị khối tài sản kết cấu hạ tầng đường sắt do nhà nước đầu tư; khả năng cạnh tranh của phương thức vận tải đường sắt so với các loại hình vận tải khác còn hạn chế dẫn đến thị phần vận tải đường sắt trong những năm gần đây có chiều hướng sụt giảm.
Doanh thu vận tải nhìn chung mặc dù có sự tăng trưởng năm sau cao hơn năm trước. Doanh thu vận tải giai đoạn 2011-2015 bằng 167,6% so với 5 năm trước. Tuy nhiên, do sự cố sập cầu Ghềnh và thiên tai bão lũ, sự cố môi trường biển khu vực các tỉnh miền Trung, doanh thu vận tải năm 2016 có sự sụt giảm mạnh, năm 2017 đã có dấu hiệu phục hồi nhưng chưa đáp ứng được kỳ vọng. Trong khi đó, thị phần vận tải đường sắt có chiều hướng giảm sút qua từng năm và đến tháng 6/2019 chỉ còn 0,17% thị phần hành khách và 0,31% thị phần hàng hóa.