Đáng chú ý, cuối tháng 7/2020 đến nay, do bùng phát đợt dịch mới, VNR đã phải dừng chạy hàng loạt đoàn tàu trên các tuyến do khách trả vé không đi. Lượng khách trả vé tương đương số tiền hoàn khoảng 25 tỷ đồng.
Hiện tại, trên tuyến đường sắt Bắc-Nam chỉ chạy hàng ngày 4 đôi tàu chạy suốt Hà Nội - Sài Gòn, nhiều tàu khu đoạn chỉ chạy cuối tuần như tàu Hà Nội đi Vinh, Yên Bái…, tàu Sài Gòn đi Nha Trang… và ngược lại. Vì vậy, người lao động đường sắt lại tiếp tục phải nghỉ luân phiên, giãn cách hợp đồng vì không có tàu.
Cũng theo VNR, hành khách đi tàu 6 tháng của năm 2020 chỉ đạt hơn 2 triệu lượt hành khách, bằng 49,04% so với cùng kỳ; trong đó thời điểm đầu tháng 4/2020, thực hiện Chỉ thị 16/CT-TTg của Thủ tướng Chính phủ về cách ly xã hội, từ ngày 1/4-15/4/2020, lượng hành khách lên tàu chỉ đạt 10,56% so với cùng kỳ.
Để giảm bớt khó khăn cho các doanh nghiệp vận tải đường sắt, vừa qua VNR đã kiến nghị Nhà nước miễn giảm nộp phí sử dụng kết cấu hạ tầng năm 2020 và miễn nộp 20% tiền thu cho thuê sử dụng kết cấu hạ tầng đường sắt năm 2020; cho gia hạn thêm 3 năm việc thực hiện niên hạn phương tiện đường sắt theo lộ trình để giảm áp lực chi phí đầu tư đầu máy, toa xe mới thay thế.