Theo đó, dự kiến từ ngày thông tư này có hiệu lực đến hết ngày 31/12/2021, mức phí sử dụng kết cấu hạ tầng đường sắt được xác định là 4% trên doanh thu kinh doanh vận tải đường sắt.
Doanh nghiệp kinh doanh vận tải đường sắt thực hiện kê khai, nộp phí sử dụng kết cấu hạ tầng đường sắt theo tháng, quyết toán năm theo quy định tại Luật Quản lý thuế và Nghị định số 126/2020/NĐ-CP của Chính phủ quy định chi tiết thi hành một số điều của Luật Quản lý thuế; nộp 100% số tiền phí vào ngân sách nhà nước (ngân sách trung ương) theo quy định.
Trong thời gian có hiệu lực của thông tư này, không thực hiện khai, nộp phí sử dụng kết cấu hạ tầng đường sắt theo quy định tại Thông tư số 295/2016/TT-BTC của Bộ Tài chính.
Kể từ ngày 1/1/2022 trở đi, phí sử dụng kết cấu hạ tầng đường sắt tiếp tục thực hiện theo quy định tại Thông tư số 295/2016/TT-BTC. Mức phí theo quy định tại Thông tư này đang là 8% trên doanh thu.
Cùng ngày, Bộ Tài chính cũng gửi công văn xin ý kiến các Bộ, ngành về việc bãi bỏ Thông tư số 21/2008/TT-BTC của Bộ Tài chính hướng dẫn về phương thức thu phí và mức thu phí, giá thuê sử dụng kết cấu hạ tầng đường sắt quốc gia, do đã hết lực thi hành theo quy định tại Luật Ban hành văn bản quy phạm pháp luật cũng như hiệu lực thực tế.