Trong vụ án, 35 bị can người Việt Nam bị đề nghị truy tố, trong đó có Nguyễn Mạnh Hùng và Lê Quang Hào - cùng giữ chức Phó Tổng giám đốc Tổng công ty Đầu tư phát triển đường cao tốc Việt Nam (VEC), nguyên Chủ tịch Hội đồng nghiệm thu cơ sở Dự án đường cao tốc Đà Nẵng - Quảng Ngãi; Hoàng Việt Hưng - Giám đốc Ban quản lý Dự án đường cao tốc Đà Nẵng - Quảng Ngãi và 32 người khác là cán bộ, kỹ sư tư vấn giám sát thuộc ban quản lý.
Một bị can người Nhật Bản là Takao Inami - Tư vấn trưởng, Giám đốc văn phòng tư vấn giám sát dự án - cũng bị cáo buộc về cùng tội danh "Vi phạm quy định về đầu tư xây dựng công trình xây dựng gây hậu quả nghiêm trọng".
Theo kết luận điều tra, dự án cao tốc Đà Nẵng - Quảng Ngãi do VEC làm chủ đầu tư, có tổng chiều dài gần 140 km. Trong đó, giai đoạn 1 của dự án dài 65 km, từ thành phố Đà Nẵng tới thành phố Tam Kỳ (Quảng Nam), giai đoạn 2 dài hơn 74 km.
Dự án được khởi công năm 2013 và từ năm 2017 đã đưa vào sử dụng 65 km của giai đoạn 1; năm 2018, thông xe giai đoạn 2. Tuy nhiên, khi vừa đi vào sử dụng, trên đường cao tốc đã xuất hiện rất nhiều điểm hư hỏng, ảnh hưởng nghiêm trọng tới việc vận hành khai thác, gây bức xúc trong nhân dân nên Bộ Công an đã vào cuộc làm rõ.
Theo kết luận, dự án này là công trình trọng điểm quốc gia, có vốn đầu tư rất lớn, với hơn 34.500 tỷ đồng. Trong quá trình thi công cả chủ đầu tư, nhà thầu, tư vấn giám sát và các đơn vị liên quan đã không thực hiện đúng quy định về pháp luật xây dựng. Đường cao tốc Đà Nẵng - Quảng Ngãi được đưa vào sử dụng dù không đúng tiêu chuẩn kỹ thuật, yêu cầu thiết kế dự án dẫn đến chất lượng công trình không đảm bảo.
Cơ quan Cảnh sát điều tra Bộ Công an khẳng định, đến nay, riêng 65 km thuộc giai đoạn 1 dự án đã có tới 380 điểm hư hỏng trên tuyến chính (trung bình 1 km có 6 điểm hư hỏng).
Phân viện Khoa học công nghệ Giao thông vận tải phía Nam đã giám định tư pháp và cho kết quả, chất lượng công trình không đảm bảo đúng kỹ thuật, gây hư hỏng khi vận hành, nhất là trong điều kiện nắng nóng kéo dài hay mưa nắng đột ngột kết hợp tác động của trọng tải và lưu lượng xe đi qua.
Ngoài 36 bị can bị đề nghị truy tố, Cơ quan Cảnh sát điều tra Bộ Công an còn chuyển hồ sơ 2 gói thầu, phần thi công cho Cơ quan điều tra hình sự Bộ Quốc phòng thụ lý.