Quá trình điều tra vụ án, ngày 13/2/2020, Cơ quan Cảnh sát điều tra Bộ Công an đã ra Quyết định khởi tố bị can, Lệnh bắt bị can để tạm giam, Lệnh cấm đi khỏi nơi cư trú, Lệnh khám xét đối với 5 bị can về tội Vi phạm quy định về xây dựng gây hậu quả nghiêm trọng, quy định tại Điều 298 - BLHS năm 2015.
Theo đó, 5 bị can gồm: Vũ Như Khuê - nguyên Giám đốc gói thầu số 1; Quản Trọng Tuấn - nguyên Giám đốc gói thầu 3B; Nguyễn Quốc Hải - nguyên Giám đốc gói thầu số 6; Phan Khánh Toàn - nguyên Giám đốc gói thầu số 4; Phan Ngọc Thơm - Phó Giám đốc gói thầu số 2 và 3B - Dự án đường cao tốc Đà Nẵng - Quảng Ngãi.
Trong đó áp dụng biện pháp ngăn chặn bắt tạm giam đối với Phan Khánh Toàn và Phan Ngọc Thơm; áp dụng biện pháp ngăn chặn cấm đi khỏi nơi cư trú đối với Vũ Như Khuê, Quản Trọng Tuấn và Nguyễn Quốc Hải.
Cơ quan điều tra xác định, các đối tượng trên đã có hành vi vi phạm các quy định của pháp luật về xây dựng trong quá trình thi công, nghiệm thu, dẫn đến gây thiệt hại về tài sản khi thực hiện Dự án đường cao tốc Đà Nẵng - Quảng Ngãi.
Sau khi Viện Kiểm sát nhân dân tối cao phê chuẩn các Quyết định tố tụng nêu trên, Cơ quan Cảnh sát điều tra Bộ Công an đã tống đạt, triển khai thực hiện đúng theo quy định của Bộ luật Tố tụng hình sự.
Hiện Cơ quan Cảnh sát điều tra Bộ Công an đang tiếp tục khẩn trương điều tra mở rộng vụ án, củng cố tài liệu chứng cứ để làm rõ hành vi phạm tội của các bị can và các đối tượng liên quan, xác minh tài sản để thu hồi, kê biên triệt để theo đúng quy định của pháp luật.
Trước đó, C03 đã ra Quyết định khởi tố bị can, Lệnh bắt bị can để tạm giam, Lệnh khám xét đối với 04 bị can: Nguyễn Tiến Thành - nguyên Giám đốc Ban quản lý dự án đường cao tốc Đà Nẵng - Quảng Ngãi; Hà Văn Bình - nguyên Giám đốc gói thầu số 7, Ban quản lý dự án đường cao tốc Đà Nẵng - Quảng Ngãi; Phạm Đình Phú - Phó Tổng giám đốc Công ty Phương Thành, Giám đốc Ban điều hành gói thầu số 5; Nguyễn Thành An - thành viên Cienco 1, Phó giám đốc Ban điều hành gói thầu số 7.
Dự án đường cao tốc Đà Nẵng - Quảng Ngãi do Tổng Công ty Đầu tư phát triển đường cao tốc Việt Nam (VEC) làm chủ đầu tư. Dự án có tổng chiều dài 139,2km, có tổng mức đầu tư 34.500 tỷ đồng, được khởi công xây dựng vào ngày 19/5/2013.
Sau khi hoàn thành các hạng mục trên tuyến chính, Hội đồng nghiệm thu nhà nước đã kiểm tra, đánh giá và chấp thuận nghiệm thu đưa vào khai thác theo quy định. Trong đó, đoạn Đà Nẵng - Tam Kỳ đưa vào khai thác từ ngày 2/8/2017, đoạn Tam Kỳ - Quảng Ngãi thông xe đưa vào khai thác từ ngày 2/9/2018.
Sau 14 tháng đưa vào khai thác, tại đoạn Đà Nẵng - Tam Kỳ xuất hiện hư hỏng cục bộ mặt đường với diện tích hư hỏng (ổ gà tại lớp bêtông nhựa tạo nhám) khoảng 70m2 trên tổng số 3,1 triệu m2 mặt đường.
Một số công trình cầu, hầm chui dân sinh trên toàn tuyến xuất hiện thấm, dột; một số vị trí mái taluy bị xói lở do nhà thầu chưa hoàn thiện công tác trồng cỏ và gia cố mái.