Theo Bộ Giao thông Vận tải, hệ thống thu phí tự động không dừng tại các trạm thu phí BOT được chia làm 2 giai đoạn (2 dự án). Dự án giai đoạn 1 (áp dụng cho quốc lộ 1 và đường Hồ Chí Minh đoạn qua Tây Nguyên) có tổng số 44 trạm, bao gồm 26 trạm trên quốc lộ 1 và đường Hồ Chí Minh đoạn qua Tây Nguyên, 18 trạm trên các tuyến cao tốc và quốc lộ khác. Dự án này do Công ty VETC triển khai thực hiện, các trạm thu phí thuộc dự án giai đoạn 1 đã cơ bản lắp đặt và vận hành hệ thống ETC. Đến thời điểm này, Bộ Giao thông Vận tải đã tiến hành đàm phán, ký kết Phụ lục Hợp đồng BOT với 35/39 trạm, 4 trạm đang tiếp tục đàm phán.
Dự án giai đoạn 2 gồm 33 trạm, Bộ Giao thông Vận tải đã tổ chức đấu thầu rộng rãi quốc tế và đã lựa chọn Liên danh Tập đoàn Công nghiệp - Viễn thông Quân đội (Viettel) và một số doanh nghiệp công nghệ là nhà đầu tư thực hiện dự án. Hiện nay, liên danh nhà đầu tư đang hoàn thiện các thủ tục xin phép thành lập doanh nghiệp để triển khai dự án theo quy định.
Về phương án tài chính dự án thu phí ETC, Bộ Giao thông Vận tải thừa nhận do nhiều nguyên nhân khách quan nên việc triển khai gặp nhiều khó khăn. Vướng mắc lớn nhất hiện nay của dự án là doanh thu hoàn vốn cho dự án ETC không như dự kiến ban đầu do tiến độ ký hợp đồng dịch vụ, trích doanh thu còn chậm. Ngoài ra, việc nhiều dự án BOT sụt giảm doanh thu so với phương án tài chính ban đầu cũng làm ảnh hưởng đến nguồn thu của dự án thu phí tự động không dừng.
Bên cạnh đó, số lượng phương tiện dán thẻ (E-tag) và nộp tiền vào tài khoản giao thông để tham gia dịch vụ thu phí tự động không dừng chưa cao (khoảng 800.000 thẻ/3,5 triệu phương tiện dán thẻ sử dụng dịch vụ ETC) do chủ phương tiện vẫn có thói quen sử dụng tiền mặt trong thanh toán, nộp và quản lý tài khoản giao thông chưa được thuận tiện cho người sử dụng dẫn đến chưa khuyến khích được người dân tham gia. Việc bắt buộc các phương tiện chưa dán thẻ không được đi qua làn thu phí tự động không dừng mặc dù đã được triển khai nhưng vẫn cần có lộ trình và chế tài để thực hiện.
Trước việc nhà đầu tư có văn bản đề xuất dừng triển khai dự án để chuyển giao cho nhà đầu tư khác hoặc Nhà nước nhận lại dự án, Bộ Giao thông Vận tải không đồng thuận và yêu cầu Công ty VETC có trách nhiệm tiếp tục thực hiện hợp đồng đã ký kết. Bộ sẽ phối hợp với Công ty VETC và các đơn vị liên quan từng bước tháo gỡ khó khăn để hoàn thành dự án.