Trả lời kiến nghị của cử tri và Đoàn đại biểu Quốc hội TP Hà Nội về việc bỏ trạm thu phí Bắc Thăng Long - Nội Bài trên tuyến đường Võ Văn Kiệt, Bộ GTVT cho biết, trước khi triển khai dự án BOT đầu tư xây dựng QL2 đoạn tránh TP Vĩnh Yên, tỉnh Vĩnh Phúc thì Trạm thu phí Bắc Thăng Long - Nội Bài do Cục Đường bộ Việt Nam (nay là Tổng cục Đường bộ Việt Nam) tổ chức quản lý, thu phí nộp ngân sách Nhà nước.
Năm 2006, Thủ tướng Chính phủ cho phép triển khai Dự án QL2 đoạn tránh thị xã Vĩnh Yên theo hình thức BOT với nguồn vốn đầu tư từ thu phí trên tuyến đường Bắc Thăng Long - Nội
Sau đó, Tổng cục Đường bộ Việt Nam cùng với nhà đầu tư là Công ty CP VIETRACIMEX 8 đã ký kết Hợp đồng BOT để triển khai dự án.
Công ty CP VIETRACIMEX 8 đã báo cáo Thủ tướng Chính phủ đề xuất được sử dụng Trạm BOT Bắc Thăng Long - Nội Bài để hoàn vốn cho Dự án BOT QL2 đoạn tránh TP Vĩnh Yên và được đồng ý thu hoàn vốn cho dự án từ ngày 1/1/2011.
Năm 2012 Quỹ bảo trì đường bộ hoạt động, Thủ tướng Chính phủ đã có Văn bản về việc xử lý, sắp xếp lại các trạm thu phí đường bộ, trong đó giao Bộ GTVT: Xóa bỏ, dừng thu từ ngày 1/1/2013 đối với các trạm thu phí sử dụng đường bộ nộp ngân sách Nhà nước, các trạm thu phí sử dụng đường bộ trả nợ vay;
Chủ trì, phối hợp với Bộ Tài chính và các cơ quan liên quan xử lý đối với các trạm khác (trừ các trạm thu phí hoàn vốn các dự án BOT). Như vậy, các trạm thu phí hoàn vốn cho các dự án BOT được tiếp tục thu phí.
Dù vậy, Bộ GTVT thừa nhận, năm 2013, trên cơ sở ý kiến của cử tri và UBND TP Hà Nội, Bộ GTVT đã báo cáo Thủ tướng Chính phủ đề xuất xử lý bất cập tại trạm BOT Bắc Thăng Long- Nội Bài theo hướng ghép với trạm thu phí của Dự án BOT QL2 đoạn Nội Bài - Vĩnh Yên hoặc Nhà nước bố trí vốn mua lại bằng ngân sách. Tuy vậy, không được thông qua.
Năm 2014, Bộ GTVT tiếp tục có văn bản kiến nghị Thủ tướng Chính phủ xem xét xử lý bất cập tại Trạm thu phí Bắc Thăng Long - Nội Bài nhưng vẫn không được đồng ý. Vì vậy, trạm thu phí này tiếp tục được hoạt động đến nay.
Hiện nay, trên tuyến QL2 đang triển khai đồng thời 2 dự án BOT (Dự án BOT QL2 đoạn Nội Bài - Vĩnh Yên và Dự án QL2 đoạn tránh TP Vĩnh Yên).
Trong đó, dự án BOT QL2 đoạn Nội Bài - Vĩnh Yên đang trong giai đoạn chuẩn bị kết thúc thời gian thu phí hoàn vốn.
Bộ GTVT đã giao Tổng cục Đường bộ Việt Nam tích cực đàm phán với các nhà đầu tư của 2 dự án nêu trên để đề xuất giải pháp xử lý tồn tại, bất cập tại Trạm thu phí Bắc Thăng Long - Nội Bài đồng thời với việc dừng thu phí hoàn vốn tại Dự án BOT QL2 đoạn Nội Bài - Vĩnh Yên, trên cơ sở đó Bộ GTVT sẽ báo cáo Thủ tướng Chính phủ xem xét chấp thuận.