Thông tin ban đầu, vụ việc xảy ra vào khoảng 6 giờ 28 sáng cùng ngày (20/9) tại đoạn đường sắt gần số nhà 559 Nguyễn Văn Linh (thuộc địa phận phường Sài Đồng, quận Long Biên).
Vào thời điểm trên, anh Phạm Văn D. (SN 1983, trú tại huyện Vĩnh Bảo, TP Hải Phòng) điều khiển xe máy mang BKS 15K1 - 025.93 băng qua đường sắt nhưng do thiếu quan sát đã không để ý tàu hỏa đang đi đến rất gần. Hậu quả là chiếc xe máy cùng nạn nhân bị tàu hỏa đâm trúng, anh D. tử vong tại chỗ.
Ngay sau khi xảy ra vụ việc, Đội Cảnh sát Giao thông Đường sắt đã có mặt phối hợp với các đội nghiệp vụ Công an quận Long Biên khám nghiệm hiện trường để tìm ra nguyên nhân của vụ TNGT.