Vào thời điểm trên, tàu SE5 xuất phát ga Hà Nội lúc 8 giờ 50 đang chạy khu gian Giáp Bát - Văn Điển. Đến vị trí cách đường ngang có gác Hoàng Liệt km 6+495 tuyến đường sắt Hà Nội - TP Hồ Chí Minh khoảng 60m thì bất ngờ có người đàn ông khoảng 40 tuổi lao vào đường sắt khiến tàu đâm phải, lái tàu phải dừng khẩn cấp.
Tuy nhiên, người đàn ông vẫn kẹt dưới gầm tàu, tử vong tại chỗ.
Trưởng tàu sau đó lập biên bản vụ việc để tàu tiếp tục hành trình. Nguyên nhân vụ tai nạn vẫn đang được các cơ quan chức năng điều tra, làm rõ.