Có thể kể đến là việc Bộ GTVT tự ý cho phép lập dự án BOT (xây dựng – kinh doanh – chuyển giao) trước khi Chính phủ chấp thuận chủ trương dự án.
Bên cạnh đó, Bộ GTVT cũng không thực hiện quy trình lập, phê duyệt và công bố danh mục dự án BOT; đồng thời phê duyệt dự án trước khi có báo cáo đánh giá tác động môi trường; chỉ định thầu thi công.
Những vấn đề này tồn tại ở 9 dự án BOT được KTNN làm rõ. Từ kết quả kiểm toán các dự án BOT trong năm 2019, KTNN đã giảm trừ chi phí đầu tư thực hiện 665,8 tỷ đồng, gồm sai khối lượng 74,5 tỷ đồng, sai đơn giá 186,9 tỷ đồng, sai khác 404,3 tỷ đồng.
Đồng thời, cơ quan này cũng kiến nghị xử lý 925 tỷ đồng, trong đó thu hồi và giảm thanh toán 288,3 tỷ đồng, xử lý khác 618 tỷ đồng, các khoản thuế phải thu và thu hồi khác 19.428 tỷ đồng.